Savcılık iddianamesinde Gülen grubunun amacı şöyle belirtiliyordu:
"Devletin tüm sistemlerinde Islam hükümlerini egemen kılarak teokratik bir İslam diktatörlüğünü kurmaktır. Fethullah Gülen'in laik, demokratik ve sosyal bir hukuk devleti olan Türkiye Cumhuriyeti'ni sona erdirip, yerine şer'i yasaların hâkim olduğu İslam devletini kurmak için okullarında beyinlerini yıkadığı gençlik ile oluşturacağı toplumu kullanmayı planladığı tespit edilmiştir.
Gülen' in demokratik usuller ile ılımlı İslam görüntüsü ile kamufle edilmiş yöntemi, toplumun önemli bir bölümünce kabul görmesine neden olan yurt içi ve yurt dışındaki okulları vasıta olarak kullanması, Papa ile görüşerek sadece Türkiye'de değil, Dünyadaki Müslümanları yönetmeyi amaçlayan ruhani liderliğe olan ilgisi, siyasal parti, kişi ve bazı devlet kadroları tarafından kabul görmesi nedeniyle hedefine ulaşmada devlet rejimini istismar etmesi, dini ve siyasal yapısını sürekli canlı tutan kaynağı belirsiz finans ile ülkemizdeki en güçlü ve etkin irticai yapılanma olarak değerlendirilmiştir."